Курс кардиохирургии был организован в мае 2010 года при Центре непрерывного образования 1 в составе кафедры «Хирургии» с курсами «Кардиохирургии, анестезиологии, реаниматологии и УЗИ диагностики». Решением Ученого Совета КазНМУ им.С.Д. Асфендиярова в 2013 году курс был преобразован в кафедру сердечно-сосудистой хирургии.

Первым заведующим кафедрой стал Егембердиев Толеген Жанылбекович — доктор медицинских наук, профессор – хирург высшей квалификационной категории по сердечно-сосудистой хирургии. Более 40 лет научно-практической деятельности На продолжении длительного периода времени Т.Ж. Егембердиев являлся ответственным исполнителем и руководителем всесоюзных и республиканских научных тем, посвященных актуальным проблемам сердечно-сосудистой хирургии. Он принимал активное участие в разработке и внедрении новых типов реконструктивно-восстановительных операций на сердце, аорте, магистральных артерий и вен. Предложенные Т.Ж. Егембердиевым биопротезы сосудов нового типа с 1979 года широко используются в хирургическом лечении заболеваний аорты и магистральных артерий, а также при аллотрансплантации почек, не только в Республике Казахстан, но и за его пределами. В настоящее время заведующим кафедрой является Кодасбаев Алмат Турысбекович, кандидат медицинских наук, профессор. В профессорско-преподавательский состав входят 2 профессора, 3 доцента, 4 ассистентов кафедры.